L'Isola del Giglio è la seconda isola per grandezza dell'Arcipelago Toscano, con una superficie di 21 kmq. 

Da Porto S. Stefano è raggiungibile con il traghetto in un'ora di percorso. Durante i mesi estivi si può portare la macchina soltanto con un permesso, altrimenti si trovano a Porto S. Stefano alcuni parcheggi custoditi. L'isola fu inizialmente insediata dagli Etruschi; passata tra vari dominatori. Fu infine sottomessa al Granducato di Toscana. Nel XIX secolo venne utilizzata come colonia penale. Giglio ha soltanto tre paesi: Giglio Porto, Giglio Castello e Campese. Il traghetto attracca a Giglio Porto, che è ancora oggi un caratteristico paesino di pescatori.
Da qui si può arrivare direttamente agli altri due paesi. 

Al sud di Giglio Porto si trovano le bellissime spiagge di Cala delle Canelle e Cala degli Alberi. Giglio Castello si trova a 6 km di distanza da Giglio Porto in un'altitudine di 400 m, dominata dal castello e le sue mura di cinta del XIV secolo costruite per la difesa contro i Saraceni. Campese, nominata dalla sua torre che fu costruita durante la dominazione spagnola, ha la spiaggia più grande dell'isola. La punta della baia di Campese viene formata dagli faraglioni. Una leggenda isolana che dice che dopo il tramonto si possono sentire delle voci provenienti dal mare, che appretterebbero ai marinai Genovesi, morti nella battaglia contro Federico II nel XIII secolo.

Giannutri, isola a forma di mezzaluna si estende su 2,6 kmq ed è l'isola più esposta a sud dell'Arcipelago Toscano. Anch'essa è raggiungibile con le imbarcazioni da Porto S. Stefano. Sulla riserva naturale non ci sono alberghi e l'accesso è proibito alle macchine. Per la sua forma a falce fu chiamata dai Greci Artemisia, dai Romani Dianum. Dal X secolo fu abitata da monaci, dopo divenne base navale di Pisa e come Giglio, passò alla fine al Granducato di Toscana. Nel 1861 fu costruito l'unico faro dell'isola. Nello stesso periodo venne abitata da Gualtiero Adami che inizialmente ebbe inizialmente l'isola in affitto per poi diventarne il proprietario. Qui condusse, assieme alla sua amante, fino al 1922, una vita da Robinson Crusoe. Si dice che dopo la mortedi lui, lei non avesse voluto lasciare l'isola, diventando quasi un essere selvaggio "nella macchia", qui si racconta che si potrebbe incontrare il suo fantasma. Ci sono costruzioni abitative a Cala Spalmatoio verso il Monte Mario fino a Cala Maestra. Durante il periodo invernale, l'isola viene abitata da una decina di persone, mentre durante la stagione estiva il numero aumenta notevolmente. La maggior parte dell'isola è rocciosa e solo nella parte nord-ovest, a nord-est si trovano delle meravigliose spiagge sabbiose. Le acque antistanti l'isola sono ideali per fare attività subacquea. Sul versante nord si trova la villa romana "Domizia", fondata dai Domizi Enobarbi cui apparteneva anche l'imperatore Nerone, del I secolo d.C. All'inizio del Medioevo servì come nascondiglio per i pirati.

L'Isola di Montecristo è uno dei pochi paradisi rimasti al mondo che si può visitare solo con una guida e dopo aver ottenuto il permesso del Corpo Forestale di Follonica. Per conservarne la flora e fauna, uniche nel loro genere, non più di mille persone all'anno possono visitare l'isola, ove è inoltre vietato attraccarci. Il limite di avvicinamento a Montecristo è di 500 m. L'isola è stata resa famosa dal romanzo di Alexandre Dumas, "Il Conte di Montecristo" che racconta di un tesoro qui nascosto che fece di Edmond Dantès, evaso al carcere, il ricchissimo Conte di Montecristo. La sua ricchezza gli permise di vendicarsi per l'ingiustizia per la quale aveva dovuto trascorrere molti anni in prigione. Dumas aveva sentito questa storia da un commerciante livornese che lo ispirò per la sua opera letteraria. Alcuni documenti storici hanno rivelato che ci fu veramente un tesoro nascosto sull'isola ed il granduca di Toscana, Cosimo I ordinò di cercarlo. Per secoli Montecristo fu il rifugio di pirati e sede scelta da monaci eremiti. Successivamente fu costruito il convento benedettino, fondato da Papa Gregorio I all'inizio del VII secolo, di cui si possono ancora oggi ammirare le rovine.